Bei über der Hälfte der Infizierten verläuft die virale Attacke völlig unbemerkt und ohne Folgen. Die FSME-Viren werden in der Regel sofort übertragen, trotzdem sollte jede Zecke unverzüglich entfernt werden, z.B. mit Pinzette oder anderen mechanischen Hilfsmitteln. Von der Anwendung von Öl oder anderen Mittelchen wird abgeraten.
Eine Übertragung von Mensch zu Mensch ist nicht möglich. Die Inkubationszeit (Zeit von der Ansteckung bis zum Ausbruch der Symptome) beträgt drei Tage bis drei Wochen.
Nach der FSME-Virus-Übertragung kann es ein bis zwei Wochen nach dem Biss zu grippeartigen Beschwerden kommen (Fieber, Kopfschmerzen und Gliederschmerzen).
In einem Teil der Fälle kommt es nach einem kurzen beschwerdefreien Intervall zu Komplikationen an den Hirnhäuten (Meningitis) oder am Gehirn selbst (Enzephalitis), die sich in starken Kopfschmerzen, Nackensteifheit, Verwirrtheit, Bewusstseinsverlust, Lähmungen oder Wesensveränderungen äussern und mit Fieber einhergehen können. Das sind Alarmzeichen und der Betroffene gehört sofort in ärztliche Behandlung.